Mass-spectrometric mapping of VDAC (voltage dependent anion channel) from mouse brain membranes with high sequence coverage

Authors : Natalia Akentieva

Pages : 225-248

Doi:10.26453/otjhs.458683

View : 11 | Download : 7

Publication Date : 2018-12-29

Article Type : Research

Abstract :VDAK'lar (voltaj bağımlı anyon kanalları) spesifik olmayan difüzyon gözenekleri veya mitokondriyal membran aracılı substratların taşınması için özel sistemler olarak hizmet veren entegre membran proteinleridir. VDAK'ın fonksiyonel rolü birçok çalışmada araştırılmış ve VDAK'ın farklı işlevleri gösterilmiştir. VDAK'ın post-translasyon modifikasyonları regülasyonu için önemlidir. VDAK'ın post-translasyon modifikasyonları regülasyonu için önemlidir. Araştırmamızın amacı, VDAK'ların post-translasyonel ve diğer zar proteinlerinin modifikasyonları ve primer yapının karakterizasyonu için yaklaşım geliştirmektir. Fare beyin zarları diferansiyel santrifüjleme ile fare beyninden izole edildi. Fare beyin zarlarından gelen mitokondriyal izoform VDAK'ın primer yapısı tripsin ile proteolitik yıkımdan sonra peptit karışımlarının LTQ-FTMS haritalama ve SDS-PAGE 'nin kombinasyonu ile  neredeyse tamamı (% 95, 283 amino asitin 258'i) tanımlanmıştır. VDAK’ın bulunan her bir peptid dizisi doğru kütle, izotopik dağılım ve MS / MS tandem analizine göre analiz edilmiş ve doğrulanmıştır. VDAK’ın peptitlerinin post-translasyon modifikasyonları gösterilmiştir. VDAK'ın yüksek dizi içeriği 11 transmembran alanı dahil olmak üzere elde edilmiştir.  30-34 kDa'da diğer bazı proteinler için geniş çaplı sekans içeriği de tespit edilmiştir. Sırasıyla; östrojen reseptorü baskılayıcısı aktivitesinin içeriğinin %76’sı, malat dehidrogenazın %55’i, sintaksin 1A ve sintaksin 1B2’nin %60 ve %65’i belirlenmiştir. Bu sonuçlar, kütle spektrometrik haritalamanın ana yapı membran proteinlerinin karakterizasyonu ve bunların post-translasyonel modifikasyonlarının tanımlanması için güvenilir ve duyarlı bir yaklaşım olduğunu göstermiştir.
Keywords : VDAC, birincil yapı