DNA Dizilerinin Graf Benzetim Yolu İle Karşılaştırılması

Authors : Cantekin Çelikhasi, Ahmet Sayar, Adem Ulu

Pages : 15-19

View : 16 | Download : 8

Publication Date : 2018-12-25

Article Type : Other

Abstract :Bu çalışmanın amacı farklı DNA örneklerindeki dizilimlerin benzerlik oranını hesaplamaktır. DNA verilerinin büyüklüklerinin getirdiği işlem hacmini kısaltmak ve performansı arttırmak için,DNA dizileri sıkıştırılıp motif çıkarımı yapıldı. Bunun için LZ Sıkıştırma algoritması kullanıldı. Elde edilen motiflerden her biri sadece bir graf düğümünü ifade ederken bu motiflerin sırası da düğümlerin komşuluklarını ifade edecek şekilde grafa dönüştürüldü. Her bir DNA’dan elde edilen graf, DNA’lardaki benzerliği bulabilmek için kullanıldı. Graflar üzerinden benzerlik oranını hesaplayan algoritmalardan, her iki Komşu Eşleşme ve Kosinüs Benzerliği metotlarını karşılaştırdık. Buna göre Kosinüs Benzerliği’nin Komşu Eşleşme’ye göre daha performanslı olduğunu gösterdik.
Keywords : Graf Benzerliği, LZ Sıkıştırma, Komşu Eşleşme, Kosinüs Benzerliği, DNA örüntü keşfi