KALBE ÖZGÜ "SUBTRACTIVE" HIBRIDIZASYON CDNA KÜTÜPHANESINDEN ELDE EDILEN MFN2, MT-ATP6, MIDN VE KPNB1 GENLERININ YETIŞKIN, NEONATAL VE EMBRIYONIK DOKULARDAKI EKSPRESYON ANALIZI

Authors : Bilge Ozsait Selcuk, Evrim Komurcu Bayrak, Muhammed Abdulvahid Kalkan, Gizem Çelebi, Nihan Erginel Ünaltuna

Pages : 21-33

View : 13 | Download : 5

Publication Date : 2017-12-14

Article Type : Research

Abstract :  Amaç: Eş zamanlı eksprese olan genlerin belirlenmesinde ve farklılaşmış gen ekspresyonunun tanımlanmasında dokuya özgü moleküler yolakların belirlenmesi önem taşımaktadır. Daha önceki çalışmalarımızda, "subtractive” hibridizasyon cDNA kütüphanesi (SHL) oluşturulmuş ve ardından bu transkriptlerin kalp dokusundaki rollerinin tanımlanabilmesi amacı ile çok sayıda fonksiyonel çalışma yürütülmüştür. Bu çalışmadaki amacımız, SHL’den seçilen dört transkriptin çoklu doku ve farklı evrelerdeki total embriyo dokularındaki ekspresyon özelliklerinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Toplam 16 farklı yetişkin BALB/c fare dokusu, neonatal kalp ve iskelet kası dokusu ve 5 farklı embriyonik döneme ait dokularda total RNA izolasyonu ve cDNA sentezi gerçekleştirildi. SHL’den elde edilen dört genin, mitofusin-2 ( Mfn2 ), mitokondriyal ATP sentaz 6 ( mt-Atp6 ), midnolin ( Midn ) ve karyoferin (importin) beta 1 ( Kpnb1 ) genlerinin qRT-PCR yöntemi ile gen ekspresyon analizi yapıldı. Ek olarak, mt-Atp6 geninin ekspresyonu çoklu doku Northern blot analizi ile araştırıldı. Bulgular: Araştırılan dört transkriptin neonatal dönemde iskelet kasına oranla kalp dokusundaki ekspresyon seviyelerinin daha fazla olduğu tespit edildi. Yetişkin kalp ve iskelet dokularında da benzer yapı gözlendi. Diğer yandan, mt-Atp6 ve Mfn2 genlerinin diğer tüm dokular ile karşılaştırıldığında kalp dokusunda daha fazla ekspresyonunun olduğu belirlendi. Sonuç: Farklı dokular ve embriyonik dönemler arasında farklılaşmış gen ekspresyonlarının olması, bu dört transkriptin hücre fizyolojisinde önemli bir role sahip olduğunu düşündürmektedir. SHL’den izole edilen bu transkriptlerin seviyelerinin sağlıklı dokularda ve embriyonik gelişim dönemlerinde gösterilmesi, kalp fizyolojisi ile ilişkili metabolik yolaklardaki işlevlerinin tanımlanması için önem taşımaktadır.
Keywords : “subtractive” hibridizasyon, qRT-PCR, Mfn2, mt-Atp6, Midn, Kpn1b