Prevalence and molecular characterization of Cucumber mosaic virus isolates infecting tomato plants in Marmara region of Turkey

Authors : Ali Karanfil

Pages : 19-25

Doi:10.16955/bitkorb.981093

View : 9 | Download : 4

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research

Abstract :Türkiye’de domates virüsleri ile ilgili olarak gerçekleştirilmiş çok sayıda çalışma vardır. Ancak domatesin en önemli virüs hastalıklarından bir tanesi olan Cucumber mosaic virus (CMV)’nin geniş alanlarda yaygınlığı ve genetik çeşitliliği üzerine gerçekleştirilmiş bir çalışma bulunmamaktadır. Bu bağlamda Marmara Bölgesi domates üretim alanlarında sürveyler düzenlenerek virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 113 domates bitkisinden örnekler alınarak DAS-ELISA testi ile CMV enfeksiyonunun belirlenmesi amacı ile testlemeler gerçekleştirilmiştir. Gerçekleştirilen testlemeler sonucunda 34 bitkide CMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Enfekteli örnekler içerisinden elde edildikleri iller temel alınarak 10 CMV izolatı moleküler karakterizasyon çalışmaları için seçilmiştir. Seçilen bu izolatların kılıf protein (CP) ve hareket protein (MP) genleri RT-PCR ile amplifiye edilmiş ve sekanslanmıştır. Elde edilen sekanslar kullanılarak gerçekleştirilen çoklu dizi analiz çalışmaları sonucunda, Marmara Bölgesi CMV izolatlarının CP genine göre kendi içlerinde nükleotid ve amino asit düzeyinde %97-100, dünya izolatları ile nükleotid düzeyinde %77-100, amino asit düzeyinde ise %79-100 oranlarında benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. MP gen bölgesine göre ise CMV izolatlarının kendi içlerinde nükleotid düzeyinde %97-100, amino asit düzeyinde ise %96-100 oranlarında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir, dünya izolatları ile gösterdikleri benzerlik oranları ise nükleotid düzeyinde %79-100, amino asit düzeyinde ise %81-100 olarak belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda Marmara Bölgesi CMV izolatlarının hem CP hem de MP gen bölgesine göre birbirleri ile yakın ilişkili olduğu ve Ia altgrubunda olduğu belirlenmiştir.
Keywords : CMV, DAS-ELISA, RT-PCR, sekanslama