Grup A Streptokokların Hızlı Moleküler Tanısında Loop-Mediated Isothermal Amplifi cation PCR (LAMP-PCR)

Authors : Mustafa Altindiş, Bahri Elmas, Ümit Kiliç, Ferhat Gürkan Aslan, Gökhan Küçükkara, Mehmet Köroğlu

Pages : 11-16

View : 32 | Download : 15

Publication Date : 2017-06-06

Article Type : Research

Abstract :Amaç: Bakteriyel farenjit olgularının çoğunluğunu Grup A Streptokoklar (GAS) oluşturur. Bu nedenle akut tonsillofarenjit olgularında tedavinin yönlendirilmesi açısından bakteriyel-viral etkenlerin ayrımı ve GAS’ın hızlı tanısı ön plana çıkmaktadır. Bu çalışmada ise akut bakteriyel tonsillofarenjit düşünülen çocuk hastalarda, GAS hızlı tanısında LoopMediated Isothermal Amplifi cation PCR (LAMP PCR) yönteminin etkinliğinin belirlenmesi ve konvansiyonel yöntem olan kültür testleriyle uyumunun karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler Akut tonsillofarenjit yakınmaları ile Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesine başvuran hastaların posterior farenks ve tonsillerinden alınan sürüntü örneklerinden izole edilen 36 GAS suşu, eş zamanlı boğaz kültürü GAS pozitif olan 8 adet hastanın boğaz sürüntüsü ve bir adet standart Streptococcus pyogenes suşu (ATCC 19615) çalışma kapsamına alınmıştır. İzole edilen GAS suşlarından LAMP PCR çalışılmıştır. Hedef bölge olarak Streptolizin B (speB) gen bölgesi hedefl enmiştir. Ekstraksiyon, amplifi kasyon ve sonuçların analizi LAMP PCR cihazında (Genie II, Optigene, UK) gerçekleştirilmiş olup, tüm bu işlemlerin 70 dakika içerisinde sonuçlandığı görülmüştür. LAMP PCR cihazında elde edilen sonuç grafi kleri Genie Explorer v2.0.6.3 (Optigene, UK) programıyla değerlendirilmiştir. Bulgular: LAMP PCR ile hasta örneklerinden izole edilmiş olan GAS suşlarının (n=36) % 97.2’si (n=35) pozitif olarak saptandı. Eş zamanlı boğaz kültürü GAS yönünden pozitif olan 8 hastanın boğaz sürüntüsü örneğinden 7’si (% 87.5) LAMP PCR ile GAS pozitif olarak saptandı. Duplike çalışılan standart suş örneği de pozitif bulundu. Enzimatik yöntem ile DNA izolasyonu (~30 dakika) ve izotermal amplifi kasyon işlemi (~40 dakika) toplamda ~70 dakikada tamamlandı. Sonuç: LAMP PCR; yüksek duyarlılık ve özgüllükte, ekstraksiyon prosedürü çok basit ve pratik olan, izolasyon ve amplifi kasyon ile sonuçların analizinin taşınabilir özellikte küçük tek bir cihazda yapıldığı, 45-70 dk gibi çok kısa sürede sonuç alınabilen, personel açısından kolay uygulanabilen, minimal laboratuvar donanımı ile gerektiren, sonuçların gözle de değerlendirilmesi imkanı olan ve diğer moleküler testlere göre daha uygun fi yatı olan bir yöntemdir. LAMP PCR’ın bu alanda kullanımı henüz çok yeni olduğundan yeni ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır
Keywords : Streptococcus pyogenes, Grup A Streptokok, LAMP PCR, hızlı tanı, tonsillofarenjit