In silico analysis of dicer-like protein (DCLs) sequences from higher plant species

Authors : Ertugrul Filiz, Ibrahim Koc

Pages : 53-63

View : 17 | Download : 5

Publication Date : 2013-11-06

Article Type : Other

Abstract :Dicer ve Dicer benzeri (DCLs) proteinler küçük RNA biyogenezi yolunun bir parçasıdır ve uzun dsRNA (pre-miRNA)’yı küçük RNA parçalarına sindiren RNase III tipi proteinlerdir. NCBI’da kullanılabilir farklı organizmalara ait 20 tam uzunlukta Dicer benzeri proteinler (DCL1, DCL2, DCL3 and DCL4) biyoenformatik araçlar yardımıyla DCLs’lerin özellik ve yapıları, domain analizleri, çoklu dizi hizalanmaları ve filogenetik ağaç yapımının araştırılması için değerlendirilmiştir. Bütün DCLs protein dizileri, RNaseIII domainin kapsadığı helikaz ATP-bağlanma tip–1, helikaz C-terminal, dicer çift zincir RNA, PAZ, ribonükleaz III, çift zincir RNA-bağlanma domain (dsRB) ailesinin bulunduğu ribonükleaz III protein ailesine sahiptir. Fizikokimyasal analizler bu enzimler hakkında pI, EC, Al, GRAVY ve instabilite indeksi gibi bilgileri sunmuştur. Bitki türerinde korunurlu varsayılan fosforilasyon bölgeleri belirlenmiştir ve sonuçlar DCLs proteinlerinde en sık fosforilasyon bölgesinin serin kalıntısında olduğunu göstermiştir. Motif ve profil analizlerinde Prosite, korunurlu protein motiflerinde en iyi muhtemel eşleşmelerin elde etmek için MEME kullanılmıştır. Filogenetik ağaç üç ana kümeyle temsil edilmiş ve farklı bitki türlerindeki DCLs protein dizileri beraber kümelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, gelecekteki homoloji modelleme ve in silico analizlerde kullanılabilir.
Keywords : Dicer, DCLs, miRNA, RNase, In silico analiz