Kobalt(II) 4-Floro- ve 4-Bromobenzoat Nikotinamid Komplekslerinin Hirshfeld Yüzey Analizi, Etkileşim Enerjisi Hesaplamaları ve Koronavirüs Spike Proteini ile Etkileşimlerinin Moleküler Docking Çalışmaları ile İncelenmesi

Authors : Füreya Elif Öztürkkan, Giray Buğra Akbaba, Mustafa Sertçelik

Pages : 272-291

Doi:10.48138/cjo.1020643

View : 28 | Download : 6

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research

Abstract :Bu çalışmada kristal yapıları önceki çalışmalarda belirlenmiş olan diaquabis(4-florobenzoat)bis(nikotinamid) kobalt (II) ve diaquabis(4-bromobenzoat)bis(nikotinamid) kobalt (II) komplekslerinin moleküller arası etkileşimleri Hirshfeld Yüzey Analizi ile belirlenmiştir. Moleküllerarası etkileşim katkı yüzdeleri iki boyutlu parmak izi grafiklerinden elde edilmiştir. Komplekslerin etkileşim enerjileri CrystalExplorer programı yardımıyla B3LYP/6-31G ve HF/3-21G temel setleri kullanarak belirlenmiştir. Komplekslerin elektrostatik potansiyel haritaları CrystalExplorer programı ile HF/STO-3G temel seti kullanarak oluşturulmuştur. Çalışmada ayrıca komplekslerin Koronavirüs Spike Proteini ve Spike protein ile ACE2 katalitik bağlanma bölgesindeki etkileşimleri Moleküler Docking yardımı ile incelenmiştir. Komplekslerin ADMET (adsorpsiyon, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite) özelliklerine ilişkin tahminler SwissADME ve ProTox-II çevrimiçi veritabanları kullanılarak yapılmıştır. Hirshfeld yüzey analizi sonuçlarına göre komplekslerin Hirshfeld yüzeyinde H…H, H...C/C…H, H…O/O…H, F…H/H…F, H…Br/Br…H, C…C, C…O/O…C, C…N/N…C, F…O/O…F, N…F/F…N, H…N/N…H, C…Br/Br…C, O…Br/Br…O, N…Br/Br…N, Br…Br ve N…N gibi moleküller arası etkileşimler tespit edilmiştir. Kompleks 1 ve 2’nin toplam enerjilerine en büyük katkıyı elektrostatik ve dispersiyon enerjilerinin sağladığı belirlenmiştir. Komplekslerin SARS-CoV-2’nin Spike proteini ve Spike protein ile ACE2 bağlanma bölgesine karşı substrat etkileri in siliko olarak incelendiğinde, hidrojen bağı, karbon-hidrojen bağı, π-π istiflenmesi, π-π T-şekilli etkileşimleri, elektrostatik etkileşimler, halojen, π-katyon, π-alkil, amid-π etkileşimleri ve alkil gibi birçok etkileşim vasıtasıyla proteinlere karşı antagonist etki sergileyebileceği tespit edilmiştir.
Keywords : Kovalent olmayan etkileşimler, Hirshfeld yüzey analizi, Moleküler Docking, Sars-CoV-2, karboksilat kompleksleri