VIRTUAL SCREENING AND MOLECULAR DOCKING ANALYSIS ON THREE SARS-COV-2 DRUG TARGETS BY MULTIPLE COMPUTATIONAL APPROACH

Authors : Ismail Çelik, Meryem Erol, Ebru Uzunhisarcikli, Ufuk Ince

Pages : 376-392

Doi:10.33483/jfpau.1073079

View : 28 | Download : 19

Publication Date : 2022-05-29

Article Type : Research

Abstract :Amaç: SARS-CoV-2, üst solunum yolu enfeksiyonu ile karakterize pandemik bir virüstür ve hafif semptomlardan ciddi komplikasyonlara kadar gidebilmektedir. Bu durumda, ilaç yeniden kullanım ve bilgisayar destekli çalışmalar, acil çözümler bulmak için çok önemli hale geldi. Bu çalışmada, 8820 ilaç adayının SARS-CoV-2'nin yapısal olmayan üç protein yapısı DrugBank veri tabanından elde edilen ilaç adayları veya ilaç molekülleri ile olan ilaç-hedef etkileşimleri analiz edilmiştir. Gereç ve Yöntem: DrugBank veri tabanından elde edilen 8820 ilaç molekülü veya ilaç adayının kapsamlı sanal tarama ve moleküler doking çalışmaları, SARS-CoV-2'nin RNA bağlayıcı proteini, 2'-O-metiltransferaz ve endoribonükleaz üzerinde gerçekleştirildi; ve her hedef için potansiyel ilaç adayları belirlendi. Yüksek Verimli Sanal Tarama (HTVS), Standard Precision (SP), Extra Precision (XP) ve Moleküler Mekanik Genelleştirilmiş Doğan Yüzey Alanı (MM-GBSA) ile sanal tarama çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca SARS-CoV-2'nin klinik bulguları, bulaşması, patogenezi ve tedavisi hakkında bilgiler de verilmiştir. Sonuç ve Tartışma: Her ilaç hedefi için potansiyel bileşik önerileri sunuldu. İlaç hedef proteinlerinin aktif bölgelerinin ligandlarla etkileşime girdiği kilit amino asitler hakkında bilgi verildi. Bu çalışmanın SARS-CoV-2 proteinleri üzerinde hedef bazlı ilaç geliştirme çalışmalarında faydalı olması beklenmektedir.
Keywords : SARS-CoV-2, moleküler doking, sanal tarama, DrugBank