RASYONEL İLAÇ TASARIMINDA MOLEKÜLER MEKANİK VE MOLEKÜLER DİNAMİK YÖNTEMLERİN KULLANILMA AMACI

Authors : Dilara Eren, Ismail Yalçin

Pages : 334-355

Doi:10.33483/jfpau.688351

View : 22 | Download : 12

Publication Date : 2020-05-31

Article Type : Review

Abstract :Amaç: Bu derlemenin amacı Rasyonel İlaç Tasarımında kullanılan Moleküler Mekanik ve Moleküler Dinamik yöntemlerinin incelenmesi, yöntemlerin temelinin araştırılması, avantaj ve dezavantajlarının ortaya konmasını sağlamaktır. Sonuç ve Tartışma: Yeni ilaç etken maddesi keşfi Farmasötik Kimya’nın temel ilgi alanıdır. Yeni ilaç etken maddesi keşfinde kullanılan Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı Yöntemleri günümüzde dikkat çeken yöntemlerdir. Bu yöntemler arasında kullanılan Moleküler Dinamik (MD) moleküller ve atomların bir araya gelerek etkileştikleri sitemin zaman içindeki gelişimini tahmin etmekte kullanılan bir bilgisayar simülasyon (benzetim) metodudur ve MD’nin dayandığı temel fikir moleküllerin zamana bağlı veya zamandan bağımsız mikroskobik davranışlarını simülasyonlarla gözlemleyerek oluşabilecek biyolojik aktiviteyi tahmin edilebilmeyi mümkün kılmaktır. 1970’lerden beri moleküler dinamik proteinler ve nükleik asitler gibi makromoleküllerin dinamik ve yapısal özellikleriyle ilgili çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Moleküler Mekanik ise moleküler sistemleri modellemek için klasik mekanik metotları kullanan, sistemin molekül içi ve moleküller arası enerjilerini "kuvvet alanları” oluşturarak hesaplama yöntemidir. Yeni ilaç etken maddesi keşfi zorlayıcı, zaman gerektiren ve pahalı bir süreçtir. Bu sürecin daha kolay hale gelmesi, daha az zaman ve emek harcayarak ve daha ucuz bir şekilde yürütülebilmesi için Moleküler Dinamik ve Moleküler Mekanik Yöntemler ağırlıklı çalışmalar yapılması yararlı olacaktır.
Keywords : moleküler dinamik, moleküler mekanik, moleküler modelleme, rasyonel ilaç tasarımı, yeni ilaç keşfi