MOLECULAR DOCKING STUDIES OF SOME TETRAHYDRONAPHTALENE-BENZIMIDAZOLE DERIVATIVES AND CORRELATION WITH THEIR CORRESPONDING ANTI-MRSA ACTIVITIES

Authors : Fikriye Zengin, Mehmet Murat Kisla, Zeynep Ates Alagoz

Pages : 20-27

Doi:10.33483/jfpau.519907

View : 21 | Download : 8

Publication Date : 2019-01-31

Article Type : Research

Abstract :Amaç: Metisiline dirençli S. aureus (MRSA), birçok antibiyotiğe karşı dirençli olup, özellikle hastane ortamında mortaliteye neden olmaktadır. Önceden sentezlenmiş olan retinoidal bileşiklerin MRSA üzerindeki inhibitor aktivitesini incelemek adına bu bileşiklerin QSAR özellikleri hesaplanmış ve MRSA Pirüvat kinaz (PK) ile doking çalışmaları gerçekleştirilmiştir.         Gereç ve Yöntem: Başlangıçta, ligand hazırlama gerçekleştirilmiştir. Bileşiklerin optimizasyonu için Hyperchem Professional kullanılmış, bu yazılımda Molecular Mechanics Force Field (MMFF) ve semi-empirik metod uygulanmıştır. Ligand dosyalarını pdb formatına dönüştürdükten sonra, yük ve torsiyon özellikleri AutoDockTools 1.5.6 ile eklenmiştir. MRSA pirüvat kinaz makromolekül dosyası (PDB ID: 3T07) protein data bank’tan alınmıştır. Bağlanma için uygun zincir UCSF Chimera ile belirlenmiştir. Makromoleküle polar hidrojenler ve Gasteiger yükleri AutoDockTools 1.5.6 ile eklenmiştir. Ligandın proteine bağlanma cebi, protein data bank’taki protein-ligand kompleksinden yola çıkılarak tespit edilmiştir. Retinoidal bileşiklerin MİK değerleri için Ates-Alagoz ve ark. tarafından yapılmış olan çalışmaya başvurulmuştur.           Sonuç ve Tartışma: 1, 4, 5, 6, 7 numaralı bileşikler PK inhibitor aktiviteleri en yüksek adaylar olarak seçilmiştir. Bu bileşikler, nispeten düşük olan MİK değerlerine ek olarak önceden bildirilen PK inhibitörü aday bileşiklere benzer bağlanma şekilleri göstermiştir. PK’nın iki monomerik ünitesinde yer alan His365 ve Ile361 ile etkileşme, bu üniteler arasında bir köprü oluşturmaktadır. Yapılan QSAR hesaplamasına göre, en aktif olan bileşiklerde 1010 Å3’dan düşük moleküler hacim değerleri görülmektedir. Buna ek olarak, log P’nin aktivite üzerinde bir etkiye sahip olmadığı görülmüştür. Bu bağlanma şekli ve etkileşimler, söz konusu bileşiklerin MRSA Pirüvat kinaz’daki umut verici inhibitor aktivitelerinin nedeni olabilir.
Keywords : Benzimidazol, doking, biyoinformatik, antibiyotikler, QSAR