Ordu İli Rubus Türlerinin Moleküler Tanısı ve Filogenisi

Authors : Onur Kolören, Seçil Eker

Pages : 39-46

View : 15 | Download : 23

Publication Date : 2018-12-29

Article Type : Research

Abstract :Bu çalışmanın amacı, Doğu Karadeniz Bölgesi Ordu ilinin fındık ve boş alanlarında yaygın olarak bulunan yabancı ot türlerinden biri olan Rubus spp.’nin filogenetik farklılıklarını Ribozomal RNA (rRNA) Internal Transcribed Spacer (ITS) gen bölgelerini kullanarak belirlemektir. Çalışma için, Ordu ilinden 30 Rubus spp. örnekleri toplanmıştır. DNA izolasyon prosedürü olan Haymes (1996) CTAB (hexadecyl-trimethyl-ammonium bromide) protokolü modifiye edilerek uygulanmıştır. Ribozomal RNA (rRNA) ITS gen bölgesi için, GenBankasından temin edilen referans sekans dizileri ile çalışmada elde edilen sekans sonuçları karşılaştırılmıştır. Dizilerin genetik uzaklıkları MEGA6 paket programı kullanılarak hesaplanmış ve bu veri setleri ile filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örnekler arasından (Fatsa 3-F3, Fatsa 6-F6, Perşembe 2-P2, Perşembe 5-P5, Çamaş 3-CM3, Ordu 1-O1, Saraycık 1-S1, Çatalpınar 1-CT1, Çatalpınar 2-CT2 ve Çatalpınar 3-CT3) on Rubus türü tespit edilmiştir. Örneklerimizden 6 tane haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlardan; Haplotip 1 (F3), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (CM3, S1) ve Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) %100 nükleotid dizisi benzerliği bakımından sırasıyla R. sanctus (KM037599), Rubus sp. (KM037207), R. divaricatus (KM037293), R. conothyrsoides (KM037285) ve R. capricollensis (KM037256) ile yakın akraba olarak belirlenmiştir. Haplotip 2 (F6) ise, %99,8 nükleotid dizisi benzerliği bakımından R. silvativus (KM037557) ile yakın akraba olarak görülmüştür.
Keywords : Doğu Karadeniz Bölgesi, ITS (internal transcribed spacer), PZR (polimeraz zincir reaksiyonu), Rubus spp., Yabancı Ot