snoRNAs are deregulated in patients with Parkinson’s Disease

Authors : Pervin Elvan Tokgün, Ayşe Gaye Tomatir, Fatma Gizem Sariekiz, Sinan Bir

Pages : 111-119

Doi:10.31362/patd.1218005

View : 19 | Download : 5

Publication Date : 2023-01-31

Article Type : Research

Abstract :modifikasyonlarına aracılık ederler. 5\'-uçları ve poli-A kuyrukları yoktur. C/D box snoRNA\'lar, H/ACA box snoRNA\'lar ve küçük kajal gövdesine özgü RNA\'lar olarak sınıflandırılırlar. snoRNA\'lar, transkripsiyon, RNA eklenmesi, hücre döngüsü vb. gibi önemli biyolojik süreçlerde önemli rollere sahiptir. Bu çalışmada, Parkinson tanısı alan hastaların PBMC\'lerinde snoRNA\'ların ifade değişimlerini mikroarray analizi ile ortaya koymaya çalıştık. Gereç ve yöntem: Unilateral başlangıç öyküsü olan ve ilk yıllarda dopaminerjik tedaviye iyi yanıt verdiği düşünülen hastalar (n=3) çalışmaya alındı. Periferik kan mononükleer hücre izolasyonu için 10 ml periferik kan örneği alındı. Total RNA, GeneAll® Hybrid-R™ kiti kullanılarak izole edildi ve Affymetrix GeneChip Human ST 2.0 platformu kullanılarak mikrodizin analizi yapıldı. Ham datalar, Affymetrix Command Console Software 1.1 kullanılarak çıkarıldı. KEGG yolak ve Gen ontoloji analizleri yapıldı ve lokus genlerin protein-protein değişimi STRING veri tabanı kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Elde edilen veriler, 28 snoRNA\'nın upregüle olduğunu ve 3 snoRNA\'nın downregüle olduğunu ortaya çıkardı Sonuç: Bu çalışmada, mikrodizin analizi ile kesin Parkinson tanısı alan hastalarda snoRNA\'ların ifade değişimlerini değerlendirdik ve bazı snoRNA\'ların deregüle ekspresyonlarını gözlemledik. snoRNA\'lardaki ifade değişimi, lokus genlerin transkripsiyonel aktivitesinde değişikliklere neden olabilir ve bu nedenle hastalıklar için biyobelirteçler olarak değerlendirilebilirler.
Keywords : parkinson, snoRNA, mikrodizin