Abstract :L’innovation fait intervenir toutes les composantes d’une économie aussi bien les entreprises, les institutions publiques que les individus. En Algérie, les pouvoirs publics ont pris conscience qu’il était nécessaire de pendre des mesures afin de mettre en place un cadre où pourrait agir toutes les interactions (recherche-entreprise- structures intermédiaires) de son système d’innovation , même s’il est semble prématuré de le qualifier ainsi. Dans un système d’innovation, les PME occupent une place particulière car c’est par leur capacité d’innovation que peut s’opérer la diversification de l’économie nationale et l’amélioration de sa compétitivité. La recherche scientifique constitue un vecteur important également mais qui risque de rester stérile pour le développement économique s’il n’est pas possible de greffer ses apports sur l’entreprise. Force est de constater qu’en Algérie, les strates du système national d’innovation accusent une faible intégration les unes aux autres et cela en dépit des efforts des pouvoirs publics. Ce système est encore incomplet et désarticulé et les interactions entre ces différentes composantes sont très limitées. Or, ces interactions sont essentielles pour le processus d’apprentissage et de création de connaissances, qui sont en lien direct avec la reproduction et la diffusion de l’innovation d’une part et les performances économiques de l’autre Keywords : Système d’innovation, PME, Management, Algérie.