- Marmara Fen Bilimleri Dergisi
- Vol: 33 Issue: 4
- Arayüz Mutasyonlarının Protein Etkileşimlerine Tesirini Tahmin Eden Algoritmalarla HADDOCK’un Perfor...
Arayüz Mutasyonlarının Protein Etkileşimlerine Tesirini Tahmin Eden Algoritmalarla HADDOCK’un Performansının Karşılaştırılması
Authors : Mehdi Koşaca, Eda Şamiloğlu, Ezgi Karaca
Pages : 592-608
Doi:10.7240/jeps.920075
View : 7 | Download : 2
Publication Date : 2021-12-30
Article Type : Research
Abstract :Hücresel süreçler proteinlerin birbirleriyle yaptıkları etkileşimlerinin üzerinden ilerler. Bilinen protein-protein etkileşimleri, etkileşim arayüzlerinde meydana gelen nokta mutasyonları ile yeniden düzenlenebilir. Bu düzenleme sonucunda, mevcut etkileşimler bozulabilir ve bu durum, kanser ve nörodejenaratif hastalıkların oluşmasına yol açabilir. Mutasyonların bu kadar hayati bir etkisinin olabilmesi, onların protein etkileşimleri üzerindeki etkisinin tahminini, hesaplamalı biyolojinin aktif çalışma alanlarından biri haline getirmiştir. Mevcut mutasyon etki tahmin algoritmalarının yanında, ünlü kenetlenme programı HADDOCK, protein-protein etkileşim arayüzünde görülen mutasyonların, ayrıntılı bir şekilde modellenmesine olanak sağlamaktadır. Bu çalışmamızda, HADDOCK’un literatürde önerilen kullanım parametrelerini optimize ederek, mutasyon tahmin performansını iyileştirmeyi hedefledik. Bu kapsamda yaptığımız karşılaştırma çalışmamızda, HADDOCK’un en optimum parametre seçkisi ile bile alternatif bir mutasyon tahmin algoritması olan EvoEF1’in performansını geçemediğini ortaya koyduk. Bunun yanında, EvoEF1’in performansını EvoEF2, FoldX ve UEP tahmin algoritmalarınınki ile karşılaştırdığımızda, EvoEF1’in en iyi performansı gösterdiğini gözlemledik. Dolayısıyla, bu çalışmamızın sonucu olarak, EvoEF1 programının protein-protein etkileşimlerinde nokta mutasyonunun etkisini tahmininde öncelikli olarak kullanılmasını önermekteyiz.Keywords : Nokta mutasyonu modellemesi, Bağlanma afinitesi, HADDOCK, protein-protein etkileşimi, örnekleme optimizasyonu