- İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi
- Vol: 84 Issue: 4
- COMBINED ANALYSIS OF LINKAGE AND WHOLE EXOME SEQUENCING REVEALS CIC AS A CANDIDATE GENE FOR ISOLATED...
COMBINED ANALYSIS OF LINKAGE AND WHOLE EXOME SEQUENCING REVEALS CIC AS A CANDIDATE GENE FOR ISOLATED DYSTONIA
Authors : Barış SALMAN, Emrah YÜCESAN, Bedia SAMANCI, Başar BİLGİÇ, Haşmet HANAĞASI, Hakan GÜRVİT, Uğur ÖZBEK, Sibel UĞUR İŞERİ
Pages : 457-463
Doi:10.26650/IUITFD.2021.913346
View : 17 | Download : 3
Publication Date : 2021-10-01
Article Type : Research
Abstract :Amaç: İzole distoni hastalığından etkilenmiş bir ailede hastalığa neden olan genetik varyasyonları ve mekanizmaları keşfetmek. Gereç ve Yöntem: İzole distoni hastalığı tanısı konmuş ve akraba evliliği bulunan bir ailede, tüm genom Single Nucleotide Polymorphism (SNP) temelli bağlantı analizi ile beraber tüm ekzom dizileme (TED) gerçekleştirildi. TED analizleri için laboratuvarımızda geliştirilen akış hattı ve in siliko tahmin algoritmaları bu çalışmada üretilen verinin ilişkilendirilmesinde kullanıldı. Sanger dizileme varyantların doğrulanması ve ayrımı için kullanıldı. Bulgular: SNP dizimi ile genotipleme, bağlantı analizi ve ekzom dizileme analizleri sonucu rs748449895 (NM_015125.4: c. 4143C>T;p.(Thr1381=)) homozigot sinonim varyantı tespit edildi. Devamındaki biyoinformatik analizler varyantın YB-1 RNA tanıma motifi olduğunu gösterdi. Bu varyant YB-1 RNA tanıma motifini bozarak, SRp20 RNA tanıma motifi oluşturmaktadır. Sonuç: Bulunan varyant, ekzon katılma motifini değiştirerek CIC transkriptinin alternatif kırpılmasını etkileyip ATXN1-CIC kompleksini bozarak distoni fenotipine yol açabilir.Keywords : Otozomal resesif distoni, tüm genom genotipleme, bağlantı analizi, tüm ekzom dizileme, alternatif kırpılma