- Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
- Vol: 11 Issue: Special Issue
- Bazı Nigella sativa L. Genotiplerinde RAPD Markırları Kullanılarak DNA Sitozin Metilasyon Polimorfiz...
Bazı Nigella sativa L. Genotiplerinde RAPD Markırları Kullanılarak DNA Sitozin Metilasyon Polimorfizminin Belirlenmesi
Authors : Emine Uygur Göçer
Pages : 3488-3495
Doi:10.21597/jist.1028843
View : 9 | Download : 2
Publication Date : 2021-12-30
Article Type : Research
Abstract :Epigenetik, DNA baz değişimi olmaksızın gen ifadesi ve fonksiyonundaki kalıtsal değişimler olarak tanımlanmaktadır. DNA'da metilasyon ve histon proteinlerindeki kimyasal modifikasyonlar bitkilerde en çok çalışılan iki epigenetik mekanizmadır. Epigenetik araştırmalarda düşük işlem hacimli ve yüksek işlem hacimli DNA metilasyon saptama teknikleri vardır. Düşük işlem hacimli tekniklerden bir tanesi de enzim tabanlı DNA sitozin metilasyonunun varlığına ya da yokluğuna dayanan bir yaklaşımdır. Bu yaklaşım kullanılarak biyolojik aktiviteleri ve terapötik potansiyeli olan Nigella sativa L. genotipleri için rastgele genlerde DNA sitozin metilasyonu araştırılmıştır. Bu çalışmada, beş farklı Nigella sativa L. türüne ait genotipler (Çameli, Eskişehir, Konya, Suriye, Şanlıurfa) arasındaki sitozin metilasyon farklılıklarını araştırmak için touch-down polimeraz zincir reaksiyonları metilasyon duyarlı-rastgele arttırılmış polimorfik DNA (TD-MS RAPD) tekniği kullanılmıştır. Bu genotipler fidelerinden izole edilen genomik DNA örnekleri touch-down polimeraz zincir reaksiyonlarından önce metilasyona duyarsız olan MspI restriksiyon enzimi ve metilasyona duyarlı HpaII restriksiyon enzimi ile muamele edilmiştir. Kullanılan 8 oligonükleotid primerinden bir primer (OPB-12), beş genotip arasında metilasyon polimorfizmleri ile sonuçlanmıştır. TD-MS-RAPD-PZR yöntemi basit ve temel cihazları gerektiren uygun maliyetli yöntemdir. Bu yöntem normal bir DNA termal döngü cihazı ve DNA jel elektroforez sistemi kullanılarak kolayca uygulanabilmektedir. Ancak bu yöntemle saptanan metilasyon polimorfizmlerinin düzeyi çörek otunda çok düşüktür. Beş farklı çörek otu genomu arasında düşük düzeyde polimorfizm olduğu sonucuna varılmış olup bu durum çörek otu genomunun 5’-CCGG-3’ içeriklerinin düşük olmasından kaynaklandığı düşünülmektedir.Keywords : Çörek otu, Epigenetik, MspI-HpaII