- Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi
- Vol: 18 Issue: 2
- İnsanda Saptanan Çiftlik Hayvanları ile İlişkili Staphylococcus aureus ST398’in Virülans ve Direnç G...
İnsanda Saptanan Çiftlik Hayvanları ile İlişkili Staphylococcus aureus ST398’in Virülans ve Direnç Genlerinin In Silico Analizi
Authors : Mehmet Demirci, Akin Yiğin, Fadile Yildiz Zeyrek
Pages : 186-192
Doi:10.35440/hutfd.929003
View : 25 | Download : 6
Publication Date : 2021-08-27
Article Type : Research
Abstract :Amaç: S. aureus ST398 kökenleri çiftlik hayvanları ile ilişkili tanımlanan ilk klonal kökenlerdir ve bu kökenlerin, tüm dünyada hızla yayılması nedeniyle bu klon özel bir yer edinmiştir. Bizde bu nedenle çalışmamızda, insan enfeksiyonlarında saptanan ve açık veritabanlarında gen dizilimleri bulunan LA-MRSA ST398 ve LA-MSSA ST398 kökenleri, hayvanlardan izole edilen LA-MRSA ST398 ve insan enfeksiyonları ile ilişkili standart MSSA ve MRSA kökenleri ile virülans ve antimikrobiyal direnç gen belirteçleri açısından in silico olarak karşılaştırmayı amaçladık. Materyal ve metod: Çalışmamızda incelenen kökenler, insanlarda saptanan ve tüm genom analizleri yapılarak açık veritabanlarına yüklenen gen dizilimleri bulunan 2 LA-MRSA ST398 ve 2 LA-MSSA ST398'dir. Bu kökenleri karşılaştırmak amacıyla, hayvandan izole edilmiş LA-MRSA ST398 ve insan enfeksiyonlarıyla ilişkili MSSA ve MRSA kökenleri incelendi. CSI filogeni, CARD ve VFanalyzer online yazılımları sırasıyla evrimsel benzerlik, antimikrobiyal direnç genleri ve virülans faktörlerini karşılaştırmak için kullanıldı. Bulgular: İnsan kaynaklı LA-MRSA ST398 ve LA-MSSA kökenlerinin filogeni benzerliği sırasıyla %98.1 ve %94.6 tespit edildi. LA-SA-ST398 kökenlerinin tümünde, makrolid-linkozamid-streptogramin ve eritromisin direnç genleri ön planda saptanırken, LA-MRSA ST398 kökenlerinde buna tetM gibi tetrasiklin eklenmiş olarak bulundu. ST398 kökenlerinde bağlanma ve enzim işlevi ile ilişkili bazı virülans faktörlerinin aktif olmadığı tespit edildi Sonuç: Sonuç olarak çalışmamızda incelenen insan kaynaklı çiftlik hayvanları ile ilişkili MRSA ve MSSA ST398 kökenlerinde bağışıklıktan kaçış ile ilişkili virülans faktörlerine aktive ettiği, bazı toksin virülans faktörlerini ise kullanmadığı saptandı. Bu kökenlerin geliştirdikleri hastalıkların patogenezlerini anlayabilmek için eldeki verilerin yeni gelişen moleküler tekniklerle incelenmesinin epidemiyolojik olarak avantaj kazandıracağı kanaatindeyiz.Keywords : Staphylococcus aureus, ST398, in silico analiz, virülans genleri, direnç genleri