- Harran Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi
- Vol: 25 Issue: 2
- Detection and molecular characterization of phytoplasmas based on 16s rDNA gene region by phylogenet...
Detection and molecular characterization of phytoplasmas based on 16s rDNA gene region by phylogenetic and in silico RFLP analysis of local grapevine cultivars in Şanlıurfa and Adıyaman
Authors : Eray Şimşek, Mehmet Güldür
Pages : 204-213
Doi:10.29050/harranziraat.816630
View : 10 | Download : 3
Publication Date : 2021-06-23
Article Type : Research
Abstract :Türkiye'nin Güneydoğusundaki Şanlıurfa ve Adıyaman illerinde bağ (Vitis vinifera L.) üretim alanlarında 2016-2019 sonbahar sezonlarında, yapraklarda sararma, küçük yaprak oluşumu, kloroz, boğumlar arasında kısalma, şiddetli kızarmalar ve içe doğru kıvrılmalar gibi fitoplazma benzeri semptomlar sergileyen asma bitkilerindeki belirtilerin etmenini belirlemek ve karakterize etmek için çeşitli sürveyler yapılmıştır. Toplanan örneklerden elde edilen saflaştırılmış DNA, fitoplazmalara özgü üniversal primer setleri ile nested-PCR yöntemi ile yüksek oranda korunmuş fitoplazma 16S rDNA geni üzerinden incelenmiştir. Nested-PCR ile DNA amplifikasyonu ve RFLP analizleri ile örneklerdeki gözlenen simptomlar ve fitoplazma varlığı arasındaki beklenen korelasyon doğrulanmıştır. Örneklerden elde edilen fitoplazma türlerinin F2n / R2 amplikonları, birbirleriyle %99.99 homoloji göstermiş ve NCBI GeneBank veri tabanında bulunan bazı gruplara ait fitoplazmalar ile de %99 sekans homolojisi göstermiştir. DNA dizileme ve filogenetik analizler, toplanan izolatlardaki etmenlerin "Candidatus fitoplazma solani" (16SrXII-A) ve "Ca.P. asteris'in (16SrI-B) olduğunu ortaya koymuştur. Bildiğimiz kadarıyla bu, 16S rDNA genine dayalı farklı yerel asma çeşitlerini enfekte eden fitoplazmaların filogenetik ilişkisinin ilk raporudur. Bu tip enfeksiyonlara neden olan patojenin 16S rDNA dışındaki genlerin genetik çeşitliliği araştırma aşamasındadır.Keywords : Asma sarılığı, Fitoplazma hastalığı, Şanlıurfa, Nested-PCR, Asma