- Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi
- Vol: 2012 Issue: 1
- Oryza rufipogon Griff. Mitokondri Genomunun (mtDNA) In silico SSR Analizi
Oryza rufipogon Griff. Mitokondri Genomunun (mtDNA) In silico SSR Analizi
Authors : Ertuğrul Filiz
Pages : 0-0
View : 12 | Download : 4
Publication Date : 2012-06-01
Article Type : Research
Abstract :Kültüvarı yapılan çeltik türleri, insan beslenmesi için en önemli ürünlerden biridir. Oryza cinsi 21 yabani ve 2 kültüvar tür barındırmaktadır. Oryza rufipogon Griff. kültüvar çeltiğin yabani atasıdır ve aynen kültüvar çeltik türleri gibi (Oryza sativa L. ve Oryza glaberrima Steud. ) AA genom yapısına sahiptir. Basit dizi tekrarları (SSRs) olarak da bilinen mikrosatellitler, bütün genomda dağılmış halde bulunan küçük ve birbirini izleyen tekrarlardır (1-6 bç). Bu çalışmada, biyoenformatik araçlar kullanılarak in silico O. rufipogon mitokondriyal genomunda SSR’ları (mtSSR) tanımladık. Mitokondriyal genomda 594 SSR ortalama 1 SSR/1.06 kb olarak belirledik ve mtSSR’ların %96’sının kodlama yapmayan bölgelerde olmasına karşın mtSSR’ların %4’ü kodlama yapan bölgelerde gözlemlendi. Tek nükleotid SSR’lar kodlama bölgelerinde baskın olmasına karşın üç nükleotid SSR’lar mitokondriyal genomda en fazla bulunan tekrarlardır. Tek nükleotid tekrarları için en sık tekrar A/T (85.5%), ikili nükleotid tekrarları için AG/CT (70.59%), üçlü nükleotid tekrarları için AAG/CTT (30.9%), dörtlü nükleotid tekrarları için AAAG/CTTT (24.5%), beşli nükleotid tekrarları için eşit AAATT/AATTT, AAGAT/ATCTT, AATTC/GAATT ve CCCGG/CCGGG (16.7%), altılı nükleotid tekrarları için AAAAAT/ATTTTT (100%) bulunmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmanın bulguları gelecekte farklı Oryza türleri için filogenetik, evrimsel genetik, genetik haritalama ve mtSSR temelli genetik çeşitlilik çalışmalarına bilimsel bir zemin sağlayacaktır.Keywords : Oryza rufipogon, çeltik, mtDNA, SSR, in silico analiz.