- Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi
- Vol: 17 Issue: 3
- Determination of Phenotypic and Genome Characteristics of Chryseobacterium sp. C-204 Strain Isolated...
Determination of Phenotypic and Genome Characteristics of Chryseobacterium sp. C-204 Strain Isolated from Rainbow Trout
Authors : Izzet Burcin Saticioğlu, Muhammed Duman, Soner Altun
Pages : 303-311
Doi:10.32707/ercivet.828829
View : 23 | Download : 5
Publication Date : 2020-12-01
Article Type : Research
Abstract :Son yıllarda Chryseobacterium cinsinde bulunan türler, birçok ülkede balıklarda ölümlere neden olabilen fırsatçı balık patojenleri olarak ortaya çıkmaktadır. Yalnızca son on yılda C. aahli, C. oncorhynchi, C. chaponense ve C. pis-cicola’nın balıklarda sistemik enfeksiyonlara neden olduğu bildirilmiştir. Bu çalışmada, Chryseobacterium sp. C-204, anormal yüzme, sırt lezyonu, renkte koyulaşma ve iki taraflı egzoftalmi gibi klinik belirtiler gösteren 1 gram ağırlığındaki gökkuşağı alabalığından izole edildi. C-204'ün 106 farklı testi içeren fenotipik özellikleri API 20NE ve BIOLOG GEN III sistemi ile karakterize edildi. C-204'ün antimikrobiyal duyarlılığı, su ürünleri yetiştiriciliğinde yaygın olarak kullanılan beş farklı antimikrobiyal ajana karşı broth mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Dizi analizi bazlı tür tanımlama, 27F ve 1387R primerleri kullanılarak yapıldı. C-204'ün tüm genom analizinde, yeni nesil dizilime sistemi kullanıldı ve toplam 24195304 okuma elde edildi. Bu okumalar birleştirilerek 4012452 baz uzunluğunda taslak genom elde edildi. C-204'ün genoma dayalı tür tanımlaması, 100 farklı korunmuş gen bölgesi ve en yakın 50 Chryseobacterium türü ile autoMLST sisteminde (https://automlst.ziemertlab.com) yapıldı. C-204 genomundaki antimikrobiyal direnç genleri (AMR) ve virülans genleri, NCBI referans antimikrobiyal direnç genleri veritabanı ve Virülans Faktör Veritabanı (VFDB) kullanılarak tanımlandı. C-204 izolatının 16S rRNA gen bölgesinin, GenBankta C. aquaticum ile %99.65 ve C. green-landense ile %98.95 oranında benzerliklere sahip olduğu belirlenmiştir. Ortak yapılmış olan 19 biyokimyasal testte, C-204 izolatı nitrat indirgeyebilmesi ve glikozdan asit üretememesi testleri ile diğer tip suşlardan ayrılabildiği belirlenmiştir. Antimikrobiyal duyarlılıkla ilgili olarak, C-204 izolatının yüksek antimikrobiyal konsantrasyonlarında bile üreyebildiği tespit edilmiştir. Genom bazlı tür tanımlamasına göre, C-204 izolatı, Chryseobacterium aquaticum subsp green-landense olarak tanımlandı. Ayrıca, C-204 suşunun genomunda 13 virülans ve sekiz AMR geni tespit edildi. Çalışmamızda sonuç olarak, C-204 izolatının 106 biyokimyasal özellik içeren detaylı fenotipik ve tüm genom dizi ana-lizine dayalı genom yapısı belirlenmiştir.Keywords : Antimikrobiyal direnç geni, Chryseobacterium sp., virülens geni