- Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi
- Vol: 58 Issue: 2
- Güney Marmara Bölgesi kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus enfeksiyonunun tespiti ve kı...
Güney Marmara Bölgesi kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus enfeksiyonunun tespiti ve kılıf protein gen diziliminin filogenetik analizi
Authors : Ali Karanfil, Savaş Korkmaz
Pages : 239-246
Doi:10.20289/zfdergi.682293
View : 7 | Download : 2
Publication Date : 2021-06-30
Article Type : Research
Abstract :Amaç: Güney Marmara Bölgesi (GMB) kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus (CMV) enfeksiyonunun tespiti ve elde edilen CMV izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile bu çalışma yürütülmüştür. Materyal ve Yöntem: GMB’yi oluşturan Çanakkale, Balıkesir ve Bursa illerinde arazi çalışmaları gerçekleştirilerek virüs ve virüs-benzeri simptom gösteren bitkilerden örnekler alınmış ve DAS-ELISA yöntemi ile CMV enfeksiyonu açısından testlenmiştir. İleri analizler için toplanan örnekler içerisinden 3 tanesi elde edildikleri coğrafik orijine göre seçilerek, RT-PCR ile kılıf protein genlerinin tamamı çoğaltılarak klonlanmış ve sekanslanmıştır. Araştırma Bulguları: Arazi çalışmaları sonucunda 72 bitkiden örnek alınmıştır. Virüs tanılama çalışmaları sonucunda ise 10 bitkide CMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen sekans analizleri sonucunda GMB CMV izolatları birbirleri ile nükleotit düzeyinde %93.15-99.70 oranında, amino asit düzeyinde ise bu izolatların %97.71-100 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen karşılaştırmalar sonucunda ise GMB izolatlarının nükleotit ve aminoasit düzeyinde %76-100 benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise GMB CMV izolatlarının ikisinin altgrup IA, birinin ise altgrup IB’de olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile GMB kabakgil üretim alanlarında CMV enfeksiyonu tespit edilerek ülkemizden ilk kabakgil CMV izolatlarının kılıf protein gen dizilimlerinin genbankasında yer alması sağlanmıştır.Keywords : CMV, DAS-ELISA, RT-PCR, sekanslama