- Bayburt Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi
- Vol: 5 Issue: 1
- Clarification Of The Structure Of 1,4-Bis(2-Chloro-4-Nitrophenyl)Piperazine Molecule And Its Molecul...
Clarification Of The Structure Of 1,4-Bis(2-Chloro-4-Nitrophenyl)Piperazine Molecule And Its Molecular Docking Analysis With DNA
Authors : A. Demet Demirag, Sefa Çelik, Berkant Ilgin, Ayşen Özel, Sevim Akyüz
Pages : 19-25
Doi:10.55117/bufbd.1006221
View : 18 | Download : 3
Publication Date : 2022-06-30
Article Type : Research
Abstract :Piperazin türevi moleküller önemli antikanser aktivitelere sahiptir. Bu çalışmada 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin (C16H14Cl2N4O4) yapısını aydınlatmak için Spartan06 programı kullanılarak konformasyon analizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda belirlenen konformasyonlar arasından en düşük enerjiye sahip moleküler yapı belirlenmiştir. DNA antikanser moleküller için önemli bir hedeftir. Bu nedenle 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin DNA (PDB ID: 1BNA) ile etkileşimi kenetlenme simülasyonları ile incelenmiştir. Molekülün elde edilen en düşük enerjili konformeri, hedef DNA ile kenetlenme simülasyonları için ligandın başlangıç geometrisi olarak alınmıştır. Sonuç olarak, DNA ile molekülün bağlanma afinitesi ve bağlanma modu değerlendirilmiştir. 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazin, DNA ile iki farklı bölgede -7.5 ve -7.4 kcal/mol bağlanma afinitelerine sahiptir. Moleküler kenetlenme çalışmalarına göre 1,4-Bis(2-kloro-4-nitrofenil)piperazinin güçlü anti-tümör etkilere sahip olduğu tahmin edilmektedir.Keywords : Piperazin, Antikanser, DNA, Konformasyon Analizi, Moleküler Kenetlenme