- Medical Records
- Vol: 4 Issue: 3
- Comparison of Prognostic miRNA Signature in Patients with Acute and Chronic Myeloid Leukemia by Bioi...
Comparison of Prognostic miRNA Signature in Patients with Acute and Chronic Myeloid Leukemia by Bioinformatic Analysis
Authors : Aynur Karadağ
Pages : 447-453
Doi:10.37990/medr.1118392
View : 8 | Download : 4
Publication Date : 2022-09-22
Article Type : Research
Abstract :Amaç: Bu çalışmada, terapötik yanıtta yer alan miRNA’ları belirlemek için AML ve KML hastalarının örneklerinden alınan yüksek verimli ekspresyon verilerini kullanarak diferansiyel miRNA ekspresyonunu analiz ettik. Materyal ve Metot: miRNA mikrodizi veri setleri GSE142699 ve GSE90773, GEO veritabanı aracılığıyla indirildi ve çevrimiçi analiz aracı GEO2R ile analizi yapıldı. GSE142699 nolu data, 24 kontrol ve 24 yeni teşhis edilmiş AML hastası, GSE90773 nolu data ise 8 kontrol ve 10 yeni tanı konmuş KML hastası ile yapılmıştır. Analiz sonrası kat değişimi (FC) değerlerine ve p<0.05’e göre gruplandırıldı. TargetScan ve miRDB veritabanları, diferansiyel olarak eksprese edilen miRNA’lar tarafından düzenlenen potansiyel hedef genlerini tahmin etmek için kullanıldı. Hedef genler DAVID programı kullanılarak, aday hedef genlerin zenginleştirme analizi GO fonksiyon ve KEGG yolu analizi gerçekleştirildi. Daha sonra hedef genler üzerinden düzenleyici ağ Cytoscape kullanılarak hub genler tesbit edildi. Bulgular: AML grubunda ekspresyonu artan 27 ve azalan 161 benzersiz miRNA bulundu. KML grubunda ekspresyonu artmış 52 ve ekspresyonu azalmış 122 benzersiz miRNA bulundu. AML ve KML grupları arasında kümeleme analizinden sonra ekspresyonu azalmış 11 miRNA ve ekspresyonu artmış 5 miRNA bulundu. Benzer olan ancak iki grupta farklı eksprese edilen 7 miRNA filtrelenmiştir. 7 miRNA’dan toplam 2525 tahmin edilen hedef gen bulundu. Farklı eksprese edilen miRNA’ların 22 ortak sinyal yolunu, özellikle kanserdeki yolları, PI3K-Akt sinyalini ve MAPK sinyalini etkilediği ortaya çıkmıştır. Sonuç: Bulgularımız, aynı miRNA’ların insan lösemi gelişiminde farklı düzenlenleyiciler olarak rol aldığını göstermiştir. Miyeloid gelişimindeki farklı miRNA imzaları, miyeloid lösemilerin klinik teşhisi ve ayrımı, prognozu ve tedavisi için kullanılabilecek birer biyobelirteç adayı olabilir.Keywords : Biyoinformatik analiz, GEO, Lösemi, AML, CML, MiRNA