- Experimed
- Vol: 11 Issue: 3
- In silico Analysis of Virulence, Resistance Genes and Phylogeny of Helicobacter pylori Strains from ...
In silico Analysis of Virulence, Resistance Genes and Phylogeny of Helicobacter pylori Strains from Different Continents
Authors : Mehmet Demirci, Özge Ünlü, Bekir Kocazeybek
Pages : 170-178
Doi:10.26650/experimed.2021.970580
View : 25 | Download : 8
Publication Date : 2021-12-08
Article Type : Research
Abstract :Amaç:Helicobacter pylori (H. pylori), tüm dünya popülasyonunun %50’sinin mide mukozasını enfekte eden bir bakteridir ve bölgesel farklı tedavi uygulamaları, hem virülans genleri, hemde antimikrobiyal direnç genlerini etkileyerek, bakteriye coğrafik olarak farklılaşma kazandırdığı bilinmektedir. Çalışmamızda, dünyanın farklı kıtalarında yaşayan insanlardan elde edilen H. pylori kökenlerinin filogeni, virülans ve antimikrobiyal direnç genleri açısından in silicoanalizinin yapılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Altı kıtadan, toplam 18 H. pylori kökenine ait tüm genom dizileri NCBI veritabanından indirilerek çalışmamıza dahil edildi. Kökenlerin evrimsel yakınlıkları, direnç gen belirteçleri ve virülans genleri, sırasıyla CSI filogeni, CARD ve VFanalyzer online yazılımları ile gerçekleştirildi. Bulgular: Avrupa kökenine göre en uzak benzerlik Afrika kökenleriydi. Klaritromisin direnci ile ilişkili A2147G tek nokta polimorfizmi Güney Amerika ve Asya kökeninde saptandı. Suşların 8 başlık altın-da toplam 95 ilişkili virülans geni taşıdığı belirlendi. Asya'daki tüm suşlarda cagA, cagE, cagL ve vacA genleri bulundu. Sonuç: Sonuç olarak, çalışmamızın verileri, farklı kıtalarda tespit edilen H. pylori kökenlerinin birbirinden farklılıklar gösterdiği ve özellikle virülans genleri açısından ciddi farklılık içerdiğini ortaya koymuştur.Keywords : Helicobacter pylori, virülans genleri, in silicoanaliz, coğrafik filogeni