- Avrupa Bilim ve Teknoloji Dergisi
- Issue: 21
- Molecular Characterization of Partial RdRp Genes of Tomato Ringspot Virus Isolates from Turkey
Molecular Characterization of Partial RdRp Genes of Tomato Ringspot Virus Isolates from Turkey
Authors : Nevin Akdura, Murat Şevik
Pages : 74-82
Doi:10.31590/ejosat.813438
View : 14 | Download : 7
Publication Date : 2021-01-31
Article Type : Research
Abstract :Domates halkalı leke virüsü (ToRSV); Nepovirüs grubundan Secoviridae familyasında yer alan, iki genomik RNA (RNA-1 ve RNA-2) kombinasyonu ile oluşan izometrik yapıda ve tek sarmal pozitif duyarlı bir virüs olup, çeşitli konukçularda ekonomik olarak yıkıcı etkilere neden olmaktadır. Bu çalışmada, Eylül 2014 - Temmuz 2015 tarihleri arasında Hakkari ilinin üç farklı ilçesinden virüs benzeri belirtiler gösteren domates (Lycopersicon esculentum), biber Capsicum annuum), hıyar (Cucumis sativus) ve asma (Vitis vinifera) bitkilerinden 300 yaprak örneği toplanmıştır. Örnekler, RNA'ya bağlı RNA polimeraz (RdRp) geni için spesifik primerler kullanılarak Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile 411 bp boyutundaki DNA fragmanlarında ToRSV enfeksiyonu için test edilmiştir. 300 yaprak örneğinden yedisinin (% 2.3) ToRSV ile enfekte olduğu tespit edilmiştir. ToRSV, domates, biber ve hıyar örneklerinde tespit edilirken asma örneklerinde tespit edilmemiştir. Bu çalışma sonucunda elde edilen DNA dizileri GenBank'a yüklenmiştir (Erişim numaraları; KT728407, KT728408, KT728409 ve KT728410). Ülkemiz ToRSV izolatları GenBank'ta bulunan ToRSV izolatları ile karşılaştırılmış ve dört ToRSV izolatı RdRp gen sekansının analizi ile nükleotid ve amino asit benzerliğinin sırasıyla% 83-100 ve% 94-100 olduğu tespit edilmiştir. Filogenetik analiz, ülkemiz ve GenBank'ta mevcut bulunan ToRSV izolatlarının üç farklı gruba ayrıldığını göstermiştir. Yapılan bu çalışma, bilgimiz dahilinde, Türkiye'deki ToRSV'nin kısmi RdRp dizisinin ilk raporudur.Keywords : Domates halkalı leke virüsü, Kısmi RNA bağımlı RNA polimeraz geni, Ters Kripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR), Dizi analizi