Farklı geofit cinslerinin genomik DNA miktar ve saflıklarının belirlenmesi
Authors : Arif Atak, Belinda Aydin, Yeşim Doyğaci, Adnan Doğan, Kutay Coşkun Yildirim, Erdal Kaya
Pages : 1-8
View : 14 | Download : 7
Publication Date : 2015-05-05
Article Type : Research
Abstract :Ülkemiz geofitler açısından oldukça elverişli bir ekolojiye sahiptir. Dünya geofitlerinin (soğanlı, yumrulu, yumru köklü, rizomlu ve benzeri bitkiler) önemli bir kısmını barındıran Türkiye florasında geofitlerin 78 cinsine ait yaklaşık 1027 taksonu (tür, alt tür, varyete, form) yetişmekte, olup bunların yaklaşık %40’ı endemiktir. Bu türlerin büyük bir kısmı Yalova Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü bünyesinde koruma altına alınmışlardır. Bu ekolojide moleküler biyoloji çalışmalarını başarıyla yürütebilmek için mutlaka yeterli ve yüksek saflıkta DNA izole etmek gerekmektedir. Geofitlerin endemik türlerinin yok olma ihtimalleri de düşünüldüğünde bu çalışmaların önemi daha da artmaktadır. Bu çalışmada Türkiye ekolojisinden toplanan farklı geofit cinslerine ait taze yapraklardan toplam 2517 adet DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu izole edilen DNA’ların saflık ve miktar tayinleri yapılarak birbirleri ile karşılaştırmaları yapılmıştır. Çalışmada en fazla Allium, Crocus, Ornithagalum, Muscari, Ophrys, Geranium, Cyclamen, Scilla, Anemone, Gagea cinslerine mensup türlerle çalışılmıştır. Bunların dışında çalışılan cinslerle birlikte toplam 26 cinsle çalışma yapılmıştır. Çalışılan cinsler içerisinde elde edilen sonuçlar topluca değerlendirildiğinde DNA izolasyonunun miktar ve saflık açısından en başarılı yapıldığı cinsler Delphinium, Erodium, Cyclamen, Fritillaria, Allium, Crocus, Primula ve Anemone olurken en sorunlu olan cinsler ise Asphodelus, Oxalis ve Asphodeline olmuştur. Çalışılan 2517 örneğin %65’lik kısmında DNA izolasyonu sorunsuz iken %35’lik kısmında ise düşük kalitede DNA elde edilmiştir. DNA izolasyonu sorunsuz olan örneklerin ortalama DNA miktarı 83 ng/μl ve saflık değeri 1.89 olmuştur. Elde edilen sonuçlar ışığında; çalışılan cins sayısının fazlalığı, yaprak tip ve içeriklerinin farklılığına rağmen iyi sonuçlar elde edilmiştir. Bu çalışma ile ileride yapılacak tanımlama, genetik haritalama, benzerlik ilişkisi gibi moleküler araştırmalar için kaynağı ve orijini belli genetik materyalin koruma altına alınması ve depolaması gerçekleştirilmiştir.Keywords : DNA izolasyonu, agaroz jel, geofitler, spektrofotometre