- Acta Medica Nicomedia
- Cilt: 6 Sayı: 3
- INVESTİGATİNG GENE EXPRESSİON CHANGES AND HUB GENES PLAYİNG A ROLE İN THE PROGRESSİON OF GLİAL BRAİN...
INVESTİGATİNG GENE EXPRESSİON CHANGES AND HUB GENES PLAYİNG A ROLE İN THE PROGRESSİON OF GLİAL BRAİN TUMORS
Authors : Nurhan Külcü Sarikaya, Deniz Sünnetçi Akkoyunlu
Pages : 380-389
View : 46 | Download : 98
Publication Date : 2023-10-21
Article Type : Research
Abstract :Amaç: Gliomanın oldukça agresif bir formu olan glioblastoma, tüm malign beyin tümörlerinin %80\'ini ve tüm gliomaların %55\'ini oluşturan en yaygın malign beyin tümörüdür. Tedaviye rağmen glioblastomalı hastalar için medyan sağkalım bir yıldan biraz fazladır. Bu çalışma, gen ekspresyon farklılıklarının ve yollarının glioma gelişimi ve ilerlemesindeki etkisini anlamayı amaçlamaktadır. Yöntem: Çalışmaya Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından 150 glioma örneği ve 15 normal beyin doku örneği dahil edildi. Normal doku ile derece II, III ve IV glioma dokuları arasında diferansiyel olarak eksprese edilen genleri (DEG\'ler) elde etmek için GeneSpring yazılımı kullanıldı. DEG\'ler, GO ve KEGG yolak analizi için DAVID arayüzü kullanılarak analiz edildi. Cytoscape yazılımındaki STRING uygulaması kullanılarak her derecede en çok bağlantıya sahip 15 gen merkez gen olarak seçildi. Bulgular: DEG\'ler nöroaktif ligand-reseptör etkileşimi, sistemik lupus eritematozus, komplement ve pıhtılaşma kaskadları ve GABAerjik sinaps ile ilişkilendirildi. Toplam 21 gen (ALB, CXCL8, EGF, EGFR, FN1, GAPDH, GNG13, GNG7, GNGT1, IL10, IL6, INS, KNG1, MAPK1, MYC, NOTCH1, SRC, STAT3, TNF, TP53 ve VEGFA) merkezi gen olarak belirlendi. Merkezi genler arasında INS geni, bütün derecelerde en yüksek bağlantı düzeyine sahip olduğu bulundu. IL6, düşük sağkalım ile ilişkilendirildi ve yüksek dereceli gliomalarda rol oynadığı düşünüldü. STAT3 ve düşük sağkalımla ilişkili EGF, derece IV\'de tespit edildi. İnsan sitomegalovirüsü (HCMV) enfeksiyonu, merkez genlerin KEGG analizine göre yüksek dereceli gliomalarda en anlamlı yol olarak ortaya çıktı. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, gliomalar için potansiyel prognostik ve terapötik hedefleri işaret etmektedir.Keywords : Glioma, gen ekspresyonu, merkezi genler, entegre analiz