- Research in Agricultural Sciences
- Vol: 51 Issue: 3
- Sorghum bicolor L. CAMTA Transkripsiyon Faktörlerinin Genom Çaplı Analizi
Sorghum bicolor L. CAMTA Transkripsiyon Faktörlerinin Genom Çaplı Analizi
Authors : Damla Kizilkaya, Ayşe Gül Kasapoğlu, Arash Hosseinpour, Kamil Haliloğlu, Selman Muslu, Emre Ilhan
Pages : 267-278
Doi:10.17097/ataunizfd.690138
View : 13 | Download : 2
Publication Date : 2020-09-25
Article Type : Research
Abstract :Kalmodulin bağlayıcı transkripsiyon aktivatörü olan CAMTA gen ailesi, bitki familyasında karakterize edilmiş kalmodulin bağlayıcı transkripsiyon faktörleridir. CAMTA gen ailesi hastalıklara karşı direnç, biyotik ve abiyotik stres etmenlerine karşı yanıt gibi çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedir. Bu çalışmada, sorgum (Sorghum bicolor L.) genomunda 7 CAMTA geni belirlendi ve kök ve sürgün dokularında Sobic-CAMTA genlerinin ifade profilleri analiz edildi. Sobic-CAMTA proteinlerinin moleküler ağılıkları ve uzunlukları sırasıyla 95,22 kDa (Sobic-CAMTA-6) ile 114,86 kDa (Sobic-CAMTA-5) ve 845 (Sobic-CAMTA-6) ila 1030 (Sobic-CAMTA-5) amino asit arasındadır. Sobic-CAMTA genleri arasında tahmini olarak belirlenen ekzonların sayısı en düşük 10 en yüksek 13’tür. İzoelektrik noktaları ise 5,55 (Sobic-CAMTA-5.) ila 8,36 (Sobic-CAMTA-4) arasında değişmektedir. Sobic-CAMTA-2/Sobic-CAMTA-3 tandem duplike genler iken, Sobic-CAMTA-3/Sobic-CAMTA-5 ve Sobic-CAMTA-6/Sobic-CAMTA-7 ise segmental duplike genler olarak tespit edilmiştir. S. bicolor L., Arabidopsis thaliana (L.) Heynh ve Zea mays L. CAMTA proteinleri kullanılarak çizilen filogenetik ağaca göre 3 ana grup (A, B ve C) elde edilmiştir. Sobic-CAMTA genlerinin ifade profilleri, S. bicolor L. bitkisinin farklı dokularına farklı azot kaynağı uygulaması ile belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, sorgum bitkisinde CAMTA transkripsiyon faktörü gen ailesinin moleküler yapısının anlaşılması için önemli bilgiler sağlayacaktır.Keywords : Ankrin, Kalmodulin, CG-1 DNA bağlanma domaini, IQ motifi, Sorghum bicolor L.