- Atatürk Üniversitesi Veteriner Bilimleri Dergisi
- Vol: 13 Issue: 2
- Buzağı İshallerinde Coronavirusun Nukleoprotein Gen ve Rotavirusun VP7/VP4 Gen Bölgelerinin Kısmi Se...
Buzağı İshallerinde Coronavirusun Nukleoprotein Gen ve Rotavirusun VP7/VP4 Gen Bölgelerinin Kısmi Sekansı ve Filogenetik Analizi
Authors : Hakan AYDIN, Mehmet özkan Timurkan
Pages : 211-218
Doi:10.17094/ataunivbd.372439
View : 16 | Download : 4
Publication Date : 2018-10-25
Article Type : Research
Abstract :Dünya genelinde yaygın olarak gözlenen rotavirus ve coronavirus enfeksiyonları, yeni doğan buzağı ishallerinin etiyolojik ajanları arasındadır. Yirmi birinci yüzyılda enfeksiyon ajanlarının incelenmesi, moleküler tabanlı genetik çalışmalarla hız kazanmıştır. Günümüzde enfeksiyonlardan sorumlu rotavirusun bilinen en az 27 farklı G ve 37 farklı P genotipi tespit edilmiştir. Coronaviruslar ise genetik yakınlıklarına göre; dört genotipik gruba ayrılmaktadır. Bu çalışmada, buzağı ishallerine sebep olan rotavirus ve coronavirus enfeksiyonlarının moleküler düzeyde incelenmesi amaçlandı. Coronavirusun nukleoprotein gen bölgesi ve rotavirusun VP4 ile VP7 gen bölgelerine yönelik spesifik primerler kullanılarak kısmi sekansları ve ardından filogenetik analizleri yapıldı. Filogenetik analiz için GenBank’tan elde edilen referans suşlar kullanıldı. VP7 gen bölgesinin analizi sonucunda Erzurum suşlarının G6 ve G10 genotipine, VP4 gen bölgesine göre ise tüm suşların P[5] genotipine ait olduğu tespit edildi. Coronavirus yönünden yapılan filogenetik analiz sonuçlarına göre ise Erzurum suşları; geyik, zürafa, yarasa, sığır ve insan coronavirus suşları ile birlikte beta-coronavirus genogrubu içerisinde toplandığı tespit edildi. Sonuç olarak bu çalışma ile Erzurum’da ilk kez enterik coronavirus ve rotavirus moleküler olarak araştırılmış olup sonraki çalışmalar için bir temel oluşturmuştur.Keywords : Coronavirus, Erzurum, Moleküler karakterizasyon, Rotavirus, Sığır