- Open Journal of Nano
- Vol: 6 Issue: 2
- Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Pep...
Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Peptide
Authors : Sefa Çelik, A. Demet Demirag, Hira Civelek, Ayşen Özel, Sevim Akyüz
Pages : 1-6
View : 11 | Download : 2
Publication Date : 2021-12-31
Article Type : Research
Abstract :Antitümör aktiviteye sahip Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) (C26H38N8O7) peptidinin tüm olası konformasyonları Spartan06 programı ve MMFF yöntemi ile hesaplanmış ve en kararlı konformer belirlenmiştir. Konformerler arasındaki enerji farklılıkları belirlenmiş, biyolojik aktivitenin belirlenmesi için gerekli olan düşük enerjili konformerler karakterize edilmiştir. Bir antikanser adayı olarak incelenen molekülün integrin inhibitörü olması beklendiğinden, etkileşim mekanizmasını belirlemek için αvβ3 integrini ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. Kenetlenme simülasyonları sonucunda bağlanma afinitesi ( ΔG = -10.5 kcal/mol) ve incelenen peptit ile hedef integrin arasındaki etkileşimler belirlenmiştir.Keywords : Antitümör aktivitesi, Spartan06 programı, integrin inhibitörü, Docking simülasyonu