- Open Journal of Nano
- Vol: 6 Issue: 2
- Molecular Docking Analysis Of N-[2-(3-Methylthio(1,2,4-Thiadiazol-5-Ylthio))Acetyl] Benzamide Molecu...
Molecular Docking Analysis Of N-[2-(3-Methylthio(1,2,4-Thiadiazol-5-Ylthio))Acetyl] Benzamide Molecule With Integrin And DNA
Authors : A. Demet Demirag, Sefa Çelik, Doğan Özen, Ayşen Özel, Sevim Akyüz
Pages : 19-27
View : 12 | Download : 2
Publication Date : 2021-12-31
Article Type : Research
Abstract :N-[2-(3-Metiltiyo(1,2,4-tiyadiazol-5-yltiyo))asetil]benzamid molekülünün (C12H11N3O2S3) en kararlı yapısı yarı deneysel AM1 hesaplamaları kullanılarak konformasyon analizi ile belirlenmiştir. Elde edilen en kararlı konformasyon, moleküler kenetlenme analizinde N-[2-(3-Metiltiyo(1,2,4-tiyadiazol-5-yltiyo))asetil]benzamid molekülünün başlangıç verisi olarak kullanılmıştır. Bu molekülün DNA ve hedef protein α5β1 integrini ile yapılan moleküler kenetlenme çalışmaları sonucunda bağlanma afiniteleri sırasıyla ΔG = -7.4 ve -7.7 kcal/mol olarak bulunmuştur. Antikanser çalışmalarda önemli rol oynayan hedef protein integrin ve DNA'nın bağlanma bölgeleri ve ligand-integrin ve ligand-DNA komplekslerinin etkileşimleri belirlenmiştir. İncelenen molekülün hedef moleküllerdeki 3D kenetlenmiş yapıları ve ligand reseptör komplekslerinin etkileşime giren grupları hesaplanmış ve şekillerde gösterilmiştir.Keywords : Benzamid Molekül, Hedef Protein İntegrin, DNA, Antikanser, Moleküler Kenetleme