- Journal of the Turkish Chemical Society Section A: Chemistry
- Vol: 2 Issue: 2 Special Issue
- MIMICKING THE SECONDARY SPHERE OF HOMOPROTOCATECHUATE DIOXYGENASE (HPCD) ENZYME ACTIVE SITE; A THEOR...
MIMICKING THE SECONDARY SPHERE OF HOMOPROTOCATECHUATE DIOXYGENASE (HPCD) ENZYME ACTIVE SITE; A THEORETICAL STUDY
Authors : Muhammed Büyüktemiz, Yavuz Dede
Pages : 105-108
Doi:10.18596/jotcsa.18009
View : 3 | Download : 1
Publication Date : 2015-01-30
Article Type : Other
Abstract :Fe-HPKD aromatik halkaların oksidatif halka açılımını gerçeklestiren, hem-olmayan (non-heme), bir enzimdir.[1,2] Önerilen reaksiyon mekanizmaları ve literatürdeki son çalısmalar, 0 nolu kompleksten 3 veya 4’e (Sekil 1) erisimin ikincil koordinasyon küresinde bulunan His200 bazı aracılığı ile gerçeklestiğini öne sürmektedir. [3,4] Dolayısıyla, His200’ün reaksiyon mekanizmasında Brønsted bazı olarak rol oynadığı söylenebilir. Arastırmamızda, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi kullanılarak birinci koordinasyon küresinde bulunan imidazol halkalarına farklı fonksiyonel grupların eklenmesi ile ikincil koordinasyon küresindeki His200’ün görevinin taklit edilmesine çalısılacaktır (Sekil 1). Tasarlanan proton transfer grupların termodinamik ve kinetik parametreler açısından doğal enzim merkezindeki tepkime ile uyumlu olması hedeflenmektedir. Sekil 1’de reaksiyon mekanizması ve proton transferini gerçeklestirebileceği düsünülen fonksiyonel gruplar listelenmistir.Keywords : HPKD, DFT, reaksiyon mekanizması, enzim merkezi, ikincil koordinasyon küresi