- Uludağ Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Dergisi
- Vol: 23 Issue: 3
- A New Automata Based Approximate String Matching Approach and Web Interface for Bioinformatics Algor...
A New Automata Based Approximate String Matching Approach and Web Interface for Bioinformatics Algorithms
Authors : Burak Koca, Gıyasettin Özcan
Pages : 91-102
Doi:10.17482/uumfd.425094
View : 8 | Download : 2
Publication Date : 2018-12-31
Article Type : Research
Abstract :Bu çalışmada temel biyoinformatik algoritmaları için yeni bir web ara yüzü ve özgün bir yaklaşık desen eşleştirme algoritması sunmaktayız. Web ara yüzümüz biyologlar, öğrenciler ve ilgili araştırmacılar için bu alandaki temel algoritmaları çalıştırmaktadır. Web ara yüzünde algoritmalar üç bölüm altında toplanmaktadır: Dizilim hizalama, desen eşleştirme ve motif bulma. Her bir bölümde, özgül veri seti ve problemlere en iyi uyan algoritmanın bulunabilmesi için sonuçlarını karşılaştırabilecekleri algoritmalar sunulmaktadır. Web ara yüzü çalışma süreleri, hafıza kullanımı ve hizalama skoru gibi konuya özel sonuçları sunmaktadır. Ara yüz yeni geliştirilen açık kaynak kodlu dilleri ve araçları kullanmaktadır. Hafif ve kullanıcı dostu bir ara yüz olması amacıyla ara yüzün tüm kısımları Python dili ile kodlanmıştır. Diğer yandan web ara yüzü için Django kullanılmıştır. Çalışmanın ikinci katkısı, yaklaşık desen eşleştirme için tasarlanmış yeni A-BOM algoritmasıdır. Bu algoritma Backwards Oracle Matching algoritmasının yaklaşık varyasyonudur. Algoritmamızı popüler yaklaşık desen eşleştirme algoritmaları ile kıyasladık. Sonuçlar, A-BOM algoritmasını güncel yaklaşık desen eşleştirme algoritmaları ile uzun desenler üzerinde karşılaştırdığımızda, çalışma süresinde %30 ile %80 arasında kısalma gelişimi olduğunu göstermektedir.Keywords : A-BOM, Biyoinformatik, Ara yüz, Yaklaşık Desen Eşleştirme