- Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi
- Vol: 8 Issue: 3
- In Silico Screening of the Phenolic Compound Oleuropein and Its Hydrolysis Product 3-Hydroxytyrosol ...
In Silico Screening of the Phenolic Compound Oleuropein and Its Hydrolysis Product 3-Hydroxytyrosol Against Certain Structural and Non-Structural Proteins of SARS-CoV- 2
Authors : Erman Salih Istifli
Pages : 824-833
Doi:10.30910/turkjans.953603
View : 14 | Download : 7
Publication Date : 2021-07-26
Article Type : Research
Abstract :Yeni tip korona virüsü Mayıs 2021 itibariyle dünya genelinde yaklaşık 163 milyon kişiyi enfekte etmiş ve 3.3 milyondan fazla hastanın ölümüne neden olmuştur. Yoğun çalışmalara rağmen SARS-CoV-2 tedavisinde tam koruma sağlayan terapötik potansiyelli bir ilaç geliştirilememiştir. Bu çalışmanın amacı, moleküler modelleme simülasyonları kullanarak oleuropein ve onun hidroliz ürünü 3-hidroksitirosol’ün SARS-CoV-2 spike glikoproteini, papain-benzeri proteazı (PLpro), ana proteazı (Mpro) ve RNA-bağımlı RNA polimerazına (RdRp) karşı inhibitör potansiyellerini araştırmaktır. 3-hidroksitirosol ile karşılaştırıldığında oleuropein, moleküler doking analizinde tüm protein hedeflere daha yüksek bağlanma afinitesi göstermekle beraber Mpro (-7.0 kcal/mol) ve RdRp'ye (-8.0 kcal/mol) karşı afinitesi oldukça yüksek bulunmuştur. Kök-ortalama-kare-sapması (0.14 - 0.32 nm) ve hidrojen bağı sayısı (6.85) göz önüne alındığında, Mpro-oleuropein kompleksinin aksine, RdRp-oleuropein kompleksi 15 nanosaniyelik moleküler dinamik analizinde oldukça kararlı bir bağlanma sergilemiştir. Oleuropein’in intraselüler hedefleri arasında çeşitli proteazlar (%17), enzimler (%16), G protein-bağlı reseptörler (%11), kinazlar (%10) ve diğer sitozolik proteinler (%10) bulunmasına rağmen, olasılık analizlerine göre oleuropein’in bu hedeflere bağlanma olasılığı oldukça düşük bulunmuştur (p = 0 - 0.22). Birkaç istisna dışında oleuropein'in absorbsiyon-dağılım-metabolizma-atılım-toksisite (ADMET) profili, bir ilaç molekülünde bulunması gereken fizikokimyasal özelliklere sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak oleuropein, RdRp'nin aktif bölgesine sıkıca bağlanma ve bu enzimi inhibe etme potansiyeline sahiptir. Oleuropein, COVID-19 tedavisinde tek başına ya da remdesivir veya favipiravir gibi replikaz inhibitörleri ile birlikte kullanılabilir. Bulgularımızın kanıtlanması için ilave in vitro ilaç-bağlanma ve in vivo etkinlik çalışmalarına ihtiyaç duyulmaktadır.Keywords : Oleuropein, 3-hidroksitirosol, SARS-CoV-2, RdRp, Moleküler doking, Moleküler dinamik