- Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
- Vol: 27 Issue: 2
- Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıkla...
Bromukonazol’ ün Moleküler Etkileşim Mekanizmasının DFT ve Moleküler Kenetleme Yöntemleri İle Açıklanması
Authors : Neslihan Kaya Kinaytürk
Pages : 266-272
Doi:10.19113/sdufenbed.1213761
View : 39 | Download : 38
Publication Date : 2023-08-25
Article Type : Research Article
Abstract :İnsanlar için kanserojen potansiyeli yüksek olan Bromukonazol fungisitinin kuantum kimyasal hesaplamaları yapılarak yapı karakterizasyonunun aydınlatılmasının yanı sıra DNA proteini (PDB ID: 1BNA) ile moleküler kenetleme analizi yapıldı. Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemi B3LYP fonksiyoneli ve aug-ccpVDZ temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edildi. Zamana bağlı DFT (TD-DFT) yöntemi ile HOMO, LUMO enerjileri hesaplandı. Protein veri bankasından 1BNA proteinin kristal yapısı *.pdb formatında temin edildi ve ligandın optimize edilmiş geometrisi kullanılarak ligand ile proteinin etkileşimi AutoDock Vina programında analiz edildi. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşabilecek hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek moleküler etkileşim mekanizması açıklanmıştır.Keywords : DFT, Moleküler Kenetlenme, Bromukanazol, HOMO-LUMO