- Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
- Vol: 26 Issue: 1
- Balıkesir/Antandros Antik Kenti Kazısı Toprak Örneklerinin Metagenomik Analizi
Balıkesir/Antandros Antik Kenti Kazısı Toprak Örneklerinin Metagenomik Analizi
Authors : Dilan Bal, Berceste Balci, Alper Yilmaz, Gürcan Polat, Ercan Arican
Pages : 1-12
Doi:10.19113/sdufenbed.700604
View : 22 | Download : 5
Publication Date : 2022-04-25
Article Type : Research
Abstract :Bugüne kadar, biyosferde bulunan mikroorganizmaların çok azı kültürleme metoduyla tespit ya da teşhis edilebilmiştir. Kültürlenmemiş ya da kültürlenemeyen mikroorganizmalar ise, mikrobiyal çeşitliliğin büyük bir bölümünü oluşturmaktadır. Metagenomik analiz, kültürleme yapılmaksızın, çevreden direkt alınan örneklerin DNA izolasyonu sonrasında elde edilen mikroorganizmaların tür tayininin yapılmasına, genetik çeşitliliğinin, popülasyon yapısının ve bu mikroorganizmaların insan yaşantısını da etkileyen ekolojik rollerinin anlaşılmasına olanak vermektedir. Metagenomik; ilaç, biyoyakıt, biyoteknoloji, tarım, ekoloji gibi birçok farklı çalışma alanında yardımcı disiplin olarak önemli rol oynamaktadır. Paleomikrobiyoloji çalışmalarında da son yıllarda sıkça kullanılmaya başlanan metagenomik, insanlık tarihindeki mikrobiyal evrim araştırmalarına katkı sunar ve bize geçmiş zamanların mikro ekosistemini anlama perspektifi verir. Bu çalışmada, Balıkesir/Antandros Antik Kenti nekropolünden kültürleme yapılmaksızın direkt alınan toprak örneklerindeki mikroorganizmaların DNA izolasyonu yapıldı ve sonrasında 16S rRNA genlerinin V3-V4 bölgeleri PZR yöntemi ile çoğaltıldı. Çoğaltılan bölgeler Illumina MiSeq sistemi ile dizilendi. Elde edilen dizilerin metagenomik analizi QIIME 1.9.1 kullanılarak yapıldı ve mikrobiyal çeşitlilik belirlendi.Keywords : 16S rRNA, metagenomik, mikroorganizma, toprak