- Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
- Vol: 25 Issue: 3
- Molecular Docking Analysis of Used Drugs for the Treatment of Cancer
Molecular Docking Analysis of Used Drugs for the Treatment of Cancer
Authors : A. Demet Demirag, Sefa Çelik, Sevim Akyüz, Ayşe Özel
Pages : 539-547
Doi:10.19113/sdufenbed.871423
View : 14 | Download : 2
Publication Date : 2021-12-30
Article Type : Research
Abstract :Bu çalışmada, kenetlenme simülasyonları için başlangıç verileri olarak kullanılmak üzere, kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılan altı ilacın konformasyonel analizi ile en düşük enerjili moleküler yapıları belirlenmiştir. AutoDock Vina programı kullanılarak FDA onaylı 6 ilacın (Pemetrekset, Irinotekan, Tamoksifen, Gemsitabin, Topotekan ve Temozolomid) DNA ile etkileşim mekanizmaları araştırılmıştır. Ek olarak, araştırılan ilaç-DNA yapıları için MM/PB(GB)SA hesaplamaları yapılmıştır. Etkileşimlere ait hesaplanan bağlanma afiniteleri ve bağlanma serbest enerjileri yapıların kararlılığını göstermiştir. Bu moleküllerin DNA ile etkileştiği aktif bölgenin aynı olduğu ve başta hidrojen bağı olmak üzere yapmış oldukları çeşitli etkileşimlerin yapıların bu kararlılığında önemli bir rol oynadığı bulunmuştur. Ayrıca, incelenen moleküllerin farmokofor özellikleri belirlenmiştir. Bu çalışmanın amacı, başlıktaki ilaçların DNA ile bağlanma özelliklerini derinlemesine araştırmaktır.Keywords : Kanser, İlaçlar, Moleküler modelleme, Konformasyon analizi, Moleküler kenetlenme