- Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
- Vol: 20 Issue: 3
- A hardware module design for percentage-based String Matching Problem
A hardware module design for percentage-based String Matching Problem
Authors : Günay Temür, İbrahim Şahin
Pages : 441-450
Doi:10.16984/saufenbilder.99529
View : 9 | Download : 3
Publication Date : 2016-12-01
Article Type : Other
Abstract :Bir verinin bir dizgi içerisinde veya bir gen yapısının bir DNA gen dizilimi içerisinde arama işleminin gerçekleştirilmesi için çeşitli algoritmalar kullanılmaktadır. Kullanılan bu algoritmalardan bazıları bize mutlak eşleşme olmadığı durumlarda olumsuz dönüt vermekte, bazıları ise "bunu mu arıyorsunuz” diye alternatifler sunmaktadır. Her iki algoritma da genel amaçlı PC’lerde saniyeler süren işlemler sonucunda bize dönüt verebilmektedir. Bu çalışmada bize hem mutlak eşleşmeyi hem de hedef dizgi içinde yüzdelik eşleşme oranlarının gerçekleştiği konumu veren FPGA çiplerine yönelik yüksek performanslı bir donanım modülü tasarlanmıştır. Geliştirilen modülün veri işleme hızı farklı PC’lerle karşılaştırılmış ve 2300 kata kadar daha hızlı arama gerçekleştirdiği karşılaştırma sonuçlarından elde edilen veriler ile doğrulanmıştır.Keywords : dizgi eşleme, FPGA, donanım modülü, yüzde tabanlı eşleme