- Hayvansal Üretim
- Vol: 60 Issue: 1
- The Identification of Novel Single Nucleotide Polymorphisms in Calpain 1 (CAPN1) Gene of Japanese Qu...
The Identification of Novel Single Nucleotide Polymorphisms in Calpain 1 (CAPN1) Gene of Japanese Quail (Coturnix coturnix japonica)
Authors : Raziye Işik
Pages : 25-29
Doi:10.29185/hayuretim.529317
View : 15 | Download : 8
Publication Date : 2019-06-28
Article Type : Research
Abstract :Amaç: Kalpainler, özellikle μ-kalpain, kas dokusunda ölümden sonraki proteoliz işlemlerinden sorumludur ve et kalitesi üzerinde ana etkiye sahiptir. Büyük μ-kalpain alt birimi tarafından kodlanan CAPN1 geni, çiftlik hayvanlarında et kalitesi ve lezzet özellikleri ile ilgili aday gen olarak belirlenmiştir. Bu nedenle Japon bıldırcınlarında CAPN1 geni genetik varyasyonunun tanımlanması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Bu çalışmada CAPN1 geni genetik varyasyonu Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Hayvan Araştırmaları Birimi'nde yetiştirilen 35 adet (13 erkek ve 12 dişi) Japon bıldırcında DNA dizi analizi yöntemi ile belirlenmiştir. Bulgular: CAPN1 genindeki genetik varyasyonlar 4. ve 5. ekzonlarda olmak üzere; g.103969C> T varyasyonu 4. ekzon bölgesinde, ve g.104116A>T, g.104118T>G, g.104148G>C, g.104169G>C, g.104172A>G, g.104179C>G, g.104181G>A, g.104184T>C olmak üzere sekiz yeni SNP 5. ekzonda görülmüştür. Japon bıldırcınlarındaki CAPN1 genindeki yeni DNA varyasyonları ilk kez bu çalışmada bildirilmiştir ve bu diziler sırasıyla MK496828-MK496837 erişim numarasıyla NCBI GenBank veri tabanına kaydedilmiştir. 4. ekzon bölgesinde görülen 103969C> T transversiyonu ve 5. ekzon bölgesindeki g.104148G> C, g.104169G> C transversiyonları ve g.104172A> G, g.104181G> A, g.104184T> C transisyonları amino asit değişikliğine neden olmamıştır. Ancak g.104116A>T, g.104118T>G transversiyonları, Threonin'den Serin amino asidi değişimine neden olmuştur. Benzer şekilde, 104179. pozisyonda C→G transversiyonu, Prolin'den Alanin amino asidi değişimine neden olmuştur. Sonuç: Bu çalışmada tespit edilen SNP'lerin bıldırcınlardaki et verimi ve lezzeti üzerinde bir etkisi olabileceği düşünülmektedir. Bu nedenle bu hipotezi doğrulamak için daha fazla araştırmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Tespit edilen SNP'lerin bıldırcın ıslahında aday gen ve SNP'ler olarak kullanılabilirlikleri değerlendirilmelidir.Keywords : CAPN1 Geni, DNA dizi analizi, Coturnix japonica, bıldırcın