- Biyolojik Çeşitlilik ve Koruma
- Vol: 15 Issue: 2
- MALDI-TOFMS ile iki türdeş (Leiurus abdullahbayrami; Buthidae) akrep zehirindeki peptit ve proteinle...
MALDI-TOFMS ile iki türdeş (Leiurus abdullahbayrami; Buthidae) akrep zehirindeki peptit ve proteinlerin karşılaştırmalı analizi
Authors : Yasemin Numanoğlu Çevik, Mehmet Ali Kanat
Pages : 186-194
Doi:10.46309/biodicon.2022.1095531
View : 12 | Download : 4
Publication Date : 2022-08-15
Article Type : Research
Abstract :Bu çalışmada, iki Leiurus abdullahbayrami akrep venomunun ilk defa MALDI-TOFMS ile analizleri yapılarak, peptit ve protein dağılımları karşılaştırılmıştır. Venomların toplam protein miktarı Nano Ready Touch cihazı ile 280 dalga boyunda ölçülmüş ve 2mg/mL konsantrasyona eşit olacak şekilde hazırlanmıştır. Daha sonra +4 ºC'de 15.000 rpm'de 15 dakika santrifüj edilerek süpernatantlar ayrıldıktan sonra üzerine 250 µL matriks çözeltisi (18 mg/mL α-CHCA, 1:1; v/v) ilave edilmiş ve akrep venom matriks örnekleri hazırlanmıştır. MALDI-TOFMS (Microflex-LT) ile analizleri meçin çelik plaka üzerine her iki akrep venomuna ait AVMx numunesinden paralel olarak spotlanmış (1µL), oda sıcaklığında kurutulduktan sonra cihaza yüklenmiştir. Sistem 1-50 kDa kütle aralığında lineer pozitif iyon modunda çalıştırılarak iyon kaynağı olarak 337 nm'de 60 Hz nitrojen lazer kullanılmıştır. Kütle spektrumları flexAnalysis yazılımı (versiyon 3.4) kullanılarak oluşturulmuştur. Tüm veriler, MALDI Biotyper yazılımına (3.1 sürüm) entegre edilmiş yerleşik MATLAB yazılımı tarafından desteklenen filo-proteomik temel bileşen analizi (TBA) yöntemi ile venom spektrumlarındaki piklerin izdüşümünü bulunduran sanal jel görüntüleri oluşturulmuştur. Sonuç olarak, peptit ve protein moleküllerinin ve venomlardaki bağıl oranlarının aynı türe ait akreplerde de değmeşkenlik gösterebileceğme deneysel olarak tespit edilmiştir. Öte yandan evrimleşmeye karşı tür karakteristiğini koruyan bu canlıların bazı temel peptit yapılarının (3555; 3772, 3996, 6780, 6820 Da; m/z) aynı kaldığı da gözlenmiştir.Keywords : Akrep, venom, Leiurus Abdullahbayrami, MALDI-TOFMS, Kütle spetrometresi